В соответствии с пп. 14 п. 1 ст. 251 НК РФ при определении объекта налогообложения по налогу на прибыль не учитываются доходы в виде имущества, полученного налогоплательщиком в рамках целевого финансирования. При этом налогоплательщики, получившие средства целевого финансирования, обязаны вести раздельный учет доходов (расходов), полученных (произведенных) в рамках целевого финансирования. При отсутствии такого учета у налогоплательщика, получившего средства целевого финансирования, указанные средства рассматриваются как подлежащие налогообложению с даты их получения. К средствам бюджетов всех уровней, государственных внебюджетных фондов, выделяемым бюджетным учреждениям по смете доходов и расходов бюджетного учреждения, но не использованным по целевому назначению в течение налогового периода либо использованным не по целевому назначению, применяются нормы бюджетного законодательства Российской Федерации.
В силу статьи 163 БК РФ получатели бюджетных средств обязаны своевременно подавать бюджетные заявки или иные документы, подтверждающие право на получение бюджетных средств; эффективно использовать бюджетные средства в соответствии с их целевым назначением; своевременно и в полном объеме возвращать бюджетные средства, предоставленные на возвратной основе; своевременно и в полном объеме вносить плату за пользование бюджетными средствами, предоставленными на возмездной основе; своевременно представлять отчет и иные сведения об использовании бюджетных средств.
Пунктом 2 ст. 251 НК РФ установлено, что при определении налоговой базы также не учитываются целевые поступления (за исключением целевых поступлений в виде подакцизных товаров). К ним относятся целевые поступления из бюджета бюджетополучателям и целевые поступления на содержание некоммерческих организаций и ведение ими уставной деятельности, поступившие безвозмездно от других организаций и (или) физических лиц и использованные указанными получателями по назначению. При этом налогоплательщики – получатели указанных целевых поступлений обязаны вести отдельный учет доходов (расходов), полученных (произведенных) в рамках целевых поступлений.
Следует учитывать, что налогоплательщики, получившие имущество (в том числе денежные средства), работы, услуги в рамках благотворительной деятельности, целевые поступления или целевое финансирование, по окончании налогового периода представляют в налоговые органы по месту своего учета отчет о целевом использовании полученных средств по форме, утверждаемой Минфином России.
Минфин России в письме от 13.03.2006 № 03-11-04/2/59 указывает, что форма Отчета о целевом использовании имущества (в том числе денежных средств), работ, услуг, полученных в рамках благотворительной деятельности, целевых поступлений, целевого финансирования, установлена налоговой декларацией по налогу на прибыль организаций, утвержденной приказом Минфина России от 07.02.2006 № 24н «Об утверждении формы налоговой декларации по налогу на прибыль организаций и Порядка ее заполнения».
Таким образом, отчет о целевом использовании имущества (в том числе денежных средств), работ, услуг, полученных в рамках благотворительной деятельности, целевых поступлений, целевого финансирования к бухгалтерским документам не относится.
В силу п. 12 ст. 89 НК РФ налогоплательщик обязан обеспечить возможность должностных лиц налоговых органов, проводящих выездную налоговую проверку, ознакомиться с документами, связанными с исчислением и уплатой налогов.
При проведении выездной налоговой проверки у налогоплательщика могут быть истребованы необходимые для проверки документы в порядке, установленном статьей 93 НК РФ.
В пункте 1 ст. 93 НК РФ закреплено, что должностное лицо налогового органа, проводящее налоговую проверку, вправе истребовать у проверяемого лица необходимые для проверки документы посредством вручения этому лицу (его представителю) требования о представлении документов.
Таким образом, при проведении налоговой проверки в федеральном образовательном учреждении налоговый орган вправе требовать представления отчета о целевом использовании имущества (в том числе денежных средств), работ, услуг, полученных в рамках благотворительной деятельности, целевых поступлений, целевого финансирования. Требовать же иных документов, подтверждающих расходование средств федерального бюджета и средств дополнительного бюджетного финансирования за счет арендных платежей (в том числе и указанных в вопросе бухгалтерских документов) налоговый орган не вправе.
Следует учитывать, что в п. 4 ст. 93 НК РФ прописано, что отказ проверяемого лица от представления запрашиваемых при проведении налоговой проверки документов или непредставление их в установленные сроки признаются налоговым правонарушением и влекут ответственность, предусмотренную статьей 126 НК РФ.